Temario General

UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO PROGRAMA DE POSGRADO EN CIENCIAS BIOLÓGICAS Denominación de la actividad académica (completa): Temas Selectos de Proteómica
Clave: (no llenar)	Semestre: 2016-1		Campo de conocimiento: -BIOLOGÍA EXPERIMENTAL -MEDICINA				Número de Créditos: 8
Carácter OPTATIVA DE ELECCIÓN		Horas				Horas por semana			Horas por semestre
		Teóricas	Prácticas			4			64
Modalidad                                              CURSO					Duración del curso                               SEMESTRAL
Seriación indicativa u obligatoria antecedente, si es el caso:                                                                 Antecedentes en Bioquímica, Biología Molecular y Biología Celular
Seriación indicativa u obligatoria subsecuente, si es el caso: (en su caso, se anota la actividad académica subsecuente con la que tiene seriación. Nota: En caso de haber seriación se debe anexar  la argumentación de ello)
Objetivo general: Hacer una revisión crítica actualizada de lo concerniente al estudio de la proteómica, sus fundamentos, las técnicas que emplea, las áreas en las que se le ha venido empleando, los alcanzes y los límites que al momento se tienen con su utilización. Se espera que al final del curso, los alumnos adquieran el conocimiento necesario de este campo de estudio y que adquieran las bases que les permita establecer su posible comprensión y aplicación en los diferentes proyectos en los que estén involucrados.
Objetivos específicos: (en si caso)
Temario								Horas
								Teóricas		Prácticas
Unidad 1 Genómica, Transcriptómica y Proteómica (Dr. J. Ambrosio) a.            Genes, Genoma y Genómica. Conocimientos generales. b.            RNAm, Transcriptoma y Transcriptómica. Conocimientos generales. c.             Proteínas, Proteoma y Proteómica. Conocimientos Generales.								4 (4 Agosto) 4 (11 Agosto)		(indicar el número de horas prácticas necesarias para abordar los contenidos de la unidad)
Unidad 2 (Dr. J. Ambrosio y Dr. H. Reyes) Generación de Proteomas, análisis proteómicos e interactomas. a.            Separaciones mediante electroforesis en Geles de poliacrilamida. Diferencias entre geles unidimensionales y bidimensionales. b.            Separaciones mediante electroforesis en Doble dimensión. Revelado de proteínas, glicoproteínas y fosfoproteínas. c.             Separaciones mediante cromatografia líquida. d.            Obtención y análisis de proteomas mediante bioinformatica. e.             Obtención de subproteomas y su importancia en el análisis								4 (18 Agosto) 4 (25 Agosto) 4 (1 Sept)
Unidad 3 (Dr. J. Ambrosio y Dr. H. Reyes) Los análisis proteómicos: alcances, limitantes, utilidad. a.            Aminoácidos y proteínas. b.            Glicoproteínas y Lipoproteínas. c.             Modificaciones postransduccionales. _________________________________________________________________ Unidad 4 (Dr. J. Ambrosio) Uso de la proteómica para estudiar el Citoesqueleto. a.            Actina b.            Tubulina. c.             Proteínas accesorias. d.            Motores moleculares. e.             Cilios y flagelos __________________________________________________________________ Unidad 5 (Dr. J. Ambrosio) Uso de la proteómica para caracterizar Anticuerpos. a.            Análisis en una dimensión. b.            Análisis en doble dimensión. c.           Análisis por espectrometría de masas. __________________________________________________________________ Unidad 6 (Dr. H. Reyes) Uso de la proteómica para la búsqueda de biomarcadores en enfermedades no infecciosas. Fluídos Biologicos Tejidos. Fluìdos Biológicos. Tejidos __________________________________________________________________ Unidad 7 (Dr. J. Ambrosio) Uso de la proteómica para la búsqueda de biomarcadores en enfermedades infecciosas. __________________________________________________________________ __________________________________________________________________								4  (8 Sept) 4  (22 Sept) ------------------ 4  (29 Sept) 4 (6 Octubre) 4(13 Octubre) ------------------ 4(20 Octubre) 4(27 Octubre) ------------------ 4 ( 3 Nov) 4 (10 Nov) 4 (17 Nov) 4 (24 Nov)
Total de horas teóricas								64
Total de horas prácticas
Suma total de horas (debe coincidir con el total de horas al semestre)								64
Blog: http://proteomica-pcb.blogspot.mx/
Bibliografía complementaria: Al-Tarawneh, S.K., Border, M.B., Dibble, C.F., and Bencharit, S. (2011). Defining salivary biomarkers using mass spectrometry-based proteomics: a systematic review. OMICS 15, 353-361. Barrett, J., Brophy, P.M., and Hamilton, J.V. (2005). Analysing proteomic data. Int J Parasitol 35, 543-553. Bischoff, R., and Schlüter, H. (2012). Amino acids: Chemistry, functionality and selected non-enzymatic post-translational modifications. J Proteomics 75, 2275-2296. Castagnola, M., Cabras, T., Vitali, A., Sanna, M.T., and Messana, I. (2011). Biotechnological implications of the salivary proteome. Trends Biotechnol 29, 409-418. Chandramouli, K., and Qian, P.Y. (2009). Proteomics: challenges, techniques and possibilities to overcome biological sample complexity. Hum Genomics Proteomics 2009. Doyle, S. (2011). Fungal proteomics: from identification to function. FEMS Microbiol Lett 321, 1-9. Hu, S., Loo, J.A., and Wong, D.T. (2007). Human saliva proteome analysis. Ann N Y Acad Sci 1098, 323-329. Knudsen, G.M., and Chalkley, R.J. (2011). The effect of using an inappropriate protein database for proteomic data analysis. PLoS One 6, e20873. Lee, J.M., Han, J.J., Altwerger, G., and Kohn, E.C. (2011). Proteomics and biomarkers in clinical trials for drug development. J Proteomics 74, 2632-2641. Liebler, D.C. (2002). Introduction to proteomics : tools for the new biology (Totowa, NJ: Humana Press). Rosenberg, I.M. (1996). Protein analysis and purification : benchtop techniques (Boston: Birkhäuser).  Pan, S., Chen, R., Aebersold, R., and Brentnall, T.A. (2011). Mass spectrometry based glycoproteomics--from a proteomics perspective. Mol Cell Proteomics 10, R110.003251. Pandey A, M.M. (2000). Proteomics to study genes and genomes. Nature 405, 837-846. Patterson SD, A.R. (2003). Proteomics: the first decade and beyond. Nature Genetics 33. Simpson, R.J. (2003). Proteins and proteomics : a laboratory manual (Cold Spring Harbor, NY: Cold Spring Harbor Laboratory Press). Westermeier, R., and Naven, T. (2002). Proteomics in practice : a laboratory manual of proteome analysis (Weinheim: Wiley-VCH). Wilkins, M.R., Appel, R.D., Van Eyk, J.E., Chung, M.C., Gorg, A., Hecker, M., Huber, L.A., Langen, H., Link, A.J., Paik, Y.K., et al. (2006). Guidelines for the next 10 years of proteomics. Proteomics 6, 4-8.
Sugerencias didácticas: (marcar con una X  la sugerencia didáctica que se utilizará para abordar los temas. Es importante tomar en cuenta que si la actividad tiene horas prácticas en las sugerencias deberá haber herramientas prácticas para el aprendizaje de los temas) __X__ Exposición oral __X__ Exposición audiovisual __X__ Ejercicios dentro de clase __X__ Ejercicios fuera del aula __X__ Seminarios __X__ Lecturas obligatorias __X__ Trabajos de investigación ____ Prácticas de taller o laboratorio ____ Prácticas de campo ____ Otros (indicar cuáles)				Mecanismos de evaluación del aprendizaje de los alumnos: (marcar con una X  el mecanismo  que se utilizará para evaluar el aprendizaje. Se recomienda que para la evaluación sean  tomadas  en cuenta las sugerencias didácticas señaladas) __X__ Exámenes parciales __X__ Examen final escrito __X__ Tareas y trabajos fuera del aula __X__ Exposición de seminarios por los alumnos __X__ Participación en clase __X__ Asistencia __X__ Seminario ____ Otros (indicar cuáles)
Líneas de investigación: Estudio del citoesqueleto mediante análisis microscópico y de tipo proteómico en parásitos y células en diferenciación. Estudios de búsquedas de biomarcadores en enfermedades infecciosas.
Perfil profesiográfico